El río Genil recoge sus primeras aguas de la vertiente norte de la cuencas glaciares que forman el Veleta (3.396 m), Cerro de los Machos (3.327 m), Mulhacén (3.479 m) y Alcazaba (3.365 m), que son los cuatro picos más elevados de Andalucía.
Recibe su nombre tras la unión de diferentes arroyos y ríos, en el Valle del Genil, y que ya mantendrá hasta su desembocadura al río Guadalquivir en Palma del Río (Córdoba).
Toma sus primeras aguas en la Hoya del Mulhacén, donde se encuentran distintas Lagunas Glaciares de Güéjar-Sierra, dentro del Área de may0r protección del Espacio Natural Sierra Nevada, el Parque Nacional
Tras llegar al municipio de Cenes de la Vega, se adentra en la Depresión de Granada manteniendo una dirección este-oeste y perdiendo aproximadamente 250 metros de desnivel, en su recorrido por está, hasta llegar al final de la provincia.
A su paso por el capital Granadina recoge las aguas de los 3 ríos que atraviesan la ciudad de la Alhambra: Darro, Monachil y Beiro. Posteriormente en su recorrido por la Vega de Granada recibe aportes de numerosos barrancos y arroyos, generalmente solo con agua en época de lluvias, y sobretodo cuando éstas son importantes, y de diferentes ríos que le suministran agua permanentemente.
Antes de alcanzar el municipio de Loja el río Genil recibe las aguas del Arroyo del Salar que nace de la vertiente este de la Sierra de Loja y que recibe agua de las numerosas fuentes y manantiales de las aguas subterráneas de la citada Sierra.
A su paso por el municipio de Loja, destacan “Los Infiernos de Loja”, donde podremos contemplar el cañón por donde circula el río formando numerosas cascadas y desfiladeros.
Está catalogado y protegido como Monumento Natural Infiernos de Loja.
A partir de pasa el municipio lojeño el río cambia de dirección, ahora sureste-noroeste para encaminarse hacia el Embalse de Iznájar, que se adentra en la provincia de Córdoba.
Antes ha recibido aguas, por su vertiente derecha del arroyo de Vilano (Sierra de las Chanzas) y por la izquierda del arroyo del Salar (Sierra de Loja).