En la vertiente noreste del Chullo, se forma el río Huéneja, tras al unión de los barrancos del Diablo, del Lobo, de Matías, del Águila, de los Tejos y de Sostra, para descender con dirección sur-norte hasta la parte más oriental de la Depresión de Guadix hasta llegar al municipio que le da nombre.
A continuación cambia de dirección hacia el oeste-este para adentrarse en la provincia almeriense y depositar sus aguas en el río Nacimiento, perteneciente a la Cuenca Fluvial del río Andarax.
Antes de ello y dentro de la provincia granadina recibe aportes, principalmente en época de lluvia y de deshielo, de diferentes barrancos y ramblas que descienden de la vertiente suroeste de la Sierra de Baza (arroyos del Raposo de Benajarra y rambla de las Piletas, entre otros).