Su término municipal se encuentra en el noreste de la provincia almeriense, limitado al norte por los municipios de Pulpí y Huércal-Overa, que también lo hace por el oeste, junto al municipio de Antas, mientras que al sur lo hace con éste último y Vera.
El principal núcleo urbano, Cuevas del Almanzora, que le da nombre, se encuentra al oeste de su término municipal, en la vertiente derecha del río Almanzora, uno de los principales ríos que atraviesan la provincia.
A lo largo de su cauce se sitúan muchas de las pedanías que tiene diseminadas en su territorio.
Las principales urbanizaciones costeras se encuentran en ambos extremos de su línea costera, mientras que en centro de la misma sobresale Sierra Almagrera, que se adentra en el mar Mediterráneo formando espectaculares cortados y acantilados y numerosas calas de extraordinaria belleza, y donde podremos observar restos de las numerosas instalaciones mineras que en otra época se explotaban en la misma.
Otros accidentes geográficos a reseñar de su término municipal es la Sierra de los Pinos (469 m) al noreste del municipio y la Sierra Almagro al norte del mismo y donde se encuentra la cota más elevada del municipio (Cucharón 714 m).
Al oeste de Sierra Almagro se encuentra el Embalse de Cuevas del Almanzora, que regula las aguas del río Almanzora.
Son numerosos los pueblos que desde el Paleolítico han vivido en estas tierras, quedando gran cantidad de restos y yacimientos de cada uno dentro del término municipal, el más grande del Levante Almeriense.
Zonas interactivas del Mapa del Litoral y Guía de Playas de Cuevas del Almanzora