Tres son los puertos que encontramos dentro del término municipal de Carboneras, dos vinculados a varias empresas que se encuentran junto a la línea costera (Endesa Puertos y Hornos Ibéricos) además del Puerto del municipio (Puerto de Carboneras).
El Puerto de Carboneras funciona tanto como puerto Pesquero y Deportivo.
El Puerto Pesquero cuenta aproximadamente con 70 barcos, una de las flotas más importantes del levante almeriense, realizando sus capturas en el mar de Alborán, mediante el cerco, palangre, arrastre y arte menores, siendo sus principales capturas de pez espada, jurel, pargo, melvas y gamba roja.
Cuenta entre otros servicios de Varadero y Lonja. Presenta una bocana de 50 metros y un calado de 5,5 metros.
Los barcos deportivos se encuentran localizados en distintas zonas del mismo, a la espera de una ubicación más específica, acorde al aumento considerable de éstos y poderles ofrecer los servicios concretos que demandan este tipo de embarcaciones.