La cuenca de recepción de agua de la laguna abarca 1.475 Ha, aunque la mayoría de arroyos que la surten son de escaso caudal.
Este es el motivo por el que la dependencia de las precipitaciones acuosas es muy alta.
También existe un sistema acuífero que aporta aguas mineralizadas, como el Arroyo Santillán que entra por el norte o el Arroyo del Charcón que desemboca desde el este.
Desde el sur el Arroyo de las Tinajas aporta algo de agua y la parte oeste la cubren el Arroyo de los Arenales y el Arroyo de Mari-Fernández.
Son distintas inundaciones las que sufre la laguna a lo largo del año.
Con las primeras lluvias de otoño se llena la zona desecada en el verano, momento de máxima salinidad de la laguna.
A esto hay que sumar el agua aportada por efecto de la escorrentía, con lo que la inundación va en notable aumento.
Con las lluvias del otoño y del invierno la salinidad del agua disminuye favoreciendo la llegada de aves invernantes.
Durante los meses de Enero y Febrero comienzan a llegar los flamencos, que desarrollarán su actividad reproductora hasta el mes de Agosto.
En primavera con la escasez de lluvias comienza la pérdida de agua.
Con la llegada del verano se produce la evaporación que acabará con la desecación de la laguna durante aproximadamente 2 meses.