Se encuentra situado entre las provincias de Córdoba y Sevilla, sirviendo de límite de las mismas, al igual que ocurre con el Embalse de Cordobilla.
Posee una extensión de 512 Ha distribuyéndose por los términos municipales de Lucena (Córdoba) y Badalatosa (Sevilla).
Destaca por ser estación de paso de numerosas aves migratorias. Posee numerosa vegetación a su alrededor y esto sumado a su proximidad a las Reservas Naturales de Laguna Amarga, Laguna de Tíscar, Laguna de Zoñar, Laguna del Rincón, Laguna de los Jarales y Laguna del Salobral, junto al Paraje Natural Embalse de Cordobilla contribuyen a la supervivencia de numerosas aves protegidas, ofreciéndoles la posibilidad de ser zona de nidificación e invernada.
Junto a otros Espacios Naturales Andaluces obtuvo la calificación como Paraje Natural por la Ley 2/1989, de 18 de julio, por la que se aprueba el inventario de Espacios Naturales Protegidos de Andalucía y se establecen medidas adicionales para su protección.
Desde el año 2002 el Paraje Natural Embalse de Malpasillo está clasificado como Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA) y se encuentra incluido en el Sitio Ramsar.